『AOPEN』や『Shuttle』のベアボーンは、全てがキューブ型のデスクトップと言っても良いでしょう。使うCPUを選べる一般的な機種では、Mini-ITXよりも少し大きめの独自規格マザーボードを使っています。電源も独自規格のものです。マザーボード、ケース、電源の全てを同一メーカーが作るので、とてもコンパクトに作ることができます。例えば、配線ケーブルの長さも、そのベアボーンに合わせた長さになっています。
メーカー製デスクトップパソコンで、CPU、メモリ、ハードディスク、光学ドライブがまだ取り付けられていない状態、というイメージです。
また、CPUクーラーは独自のやや大きめなものを使っていたりします。これは、Micro ATXマザーボードを使って小さめのケースを選んだときには、とても考えられないことです。
マザーボードの機能は機種によって違うと思います。例えばSD37P2V2の場合は、AHCIは使えるし、eSATAのコネクタも付いており、ケースファンの速度を変えたり、電源LEDの明るさを変えたりすることもできます。
また、私が組み立てたことがある『AOPEN』や『Shuttle』のベアボーンは、動作中の音もとても静かでした。
もちろん一度組み立てた後に、ハードディスクや光学ドライブ、CPUやメモリは自由に交換することが出来ます。