たまたまCrystalDiskMarkを実行してみて、4K QD32の値がとても低いので、AHCIがおかしいのに気が付きました。CristalDiskInfoを実行すると、ディスク情報が表示されません。これは、AHCIドライバがないためだそうです。デバイスマネージャーでも確認できました。
2010年12月31日の記事に書いた、Windowsの修復を求められたのは、このためかもしれません。
とりあえず、2010年12月2日の記事に書いたように、ATIシステムドライバをインストールして、AMD SATA AHCIドライバを入れ直しました。