2014年9月12日の記事に書きましたが、@niftyなどのサーバーに受信メールが残っていると、パソコンを換えてメールの設定をしたときに、これらを延々と受信することになります。
したがって、これまでメールソフトを使っていて、重要メールを保管しているような場合は、不要なメールを大量に受信することになります。
一方、サーバーにメールを残してあれば、パソコンが故障してもあるいは買い替えても、メールを再度受信することができます。
Mavericksのメールでは、受信メッセージを削除したとき、1ヶ月後にサーバーから消去するのがデフォルトになっているようです。MacではTime Machineでバックアップするのが標準的な使い方だと思いますので、1ヶ月で十分だと思います。
もしサーバーにメッセージを残したいときは、「1ヶ月後」のところで「消去しない」を選びます。この場合は、Webメールで不要メールを削除するなど、サーバーのメンテナンスをしておくと良いと思います。