El Capitanメール 「迷惑メールを迷惑メールフォルダに入れる」

[メール]→[環境設定]→[迷惑メール]とクリックします。
「迷惑メールを受信したときの動作」で、２番目の[”迷惑メール”メールボックスに移動]を選びます。

説明：
「メール件名」を右クリックすると、「印をつける」で迷惑メールに「する」「しない」を選ぶことができます。
Macメールを使い始めたときは、迷惑メールと判断しても受信トレイに残して、ある程度使い込んで迷惑メールの判断精度が上がったところで、迷惑メールボックスに入れる使い方を勧めているようです。