私が使っているMac miniは、SSDのSSD240およびハードディスクMackintosh HDが内蔵されています。
また、外付けハードディスクとして、Time Machine MavericksおよびYosemiteを接続しています。 ここでは、起動ディスクはMavericksのSSD240です。
Time Machine 環境設定をみると、バックアップディスクはTime Machine Mavericksになっています。つまり、SSD240がTime Machine Mavericksにバックアップされる設定になっています。
［ディスク選択］をクリックすると、バックアップに利用可能なディスクとして、Mackintosh HDおよびYosemiteを選ぶこともできます。
ただし前に書いたように、Mackintosh HDは内蔵ディスクですし、Yosemiteは外付けですがシステムディスクなので、バックアップ用に適しているとは思えません。
［オプション］をクリックすると、「バックアップ対象から除外する項目」を選ぶことができます。この図ではMackintosh HDは除外されていますが、これとSSD240の両方をバックアップすることもできるのです。
