新しく増設したハードディスクをテストするために、Acronis True ImageでWindows Vistaをリストアして、ブートしようとすると、BOOTMGR is Missingと出てブートができません。
MBRが壊れたのかと思ったのですが、Acronis Disk Director(わざわざこれを使わなくても良いのですがせっかくあるので)で見てみると、2つに分けたパーティション後半の、データ用パーティションがアクティブになっていました。そこで、前半のWindows用パーティションをアクティブにして、解決しました。
どうやら、パーティションを作るときに間違えたようです。